Assassin's Creed

La historia gira entorno al conflicto entre dos bandos que pelean cada uno por sus ideales, los Templarios, que en apariencia son una de las muchas órdenes que luchan junto a los cristianos en la Tercera Cruzada, su objetivo es conseguir el llamado Fruto del Edén, con el cual pretenden apoderarse del espíritu y voluntad de todas las personas y así controlarlas. Su maestre es Roberto de Sable.
Oponiéndose a ellos están los Asesinos o Hashsha-shin, cuyo objetivo es destruir a los Templarios para evitar que estos se apoderen del mundo, tienen su base en la fortaleza de Masyaf y su maestro es un sabio anciano llamado Al-Mualim. Al contrario que los templarios, los Assassins no tienen tantos recursos como estos y se ven obligados a "trabajar" de manera infiltrada para evitar llamar la atención de los Templarios. 
Presente(2012)La historia principal de Assassin's Creed se ubica en un futuro próximo, septiembre de 2012 d.C. Desmond Miles, un camarero, es secuestrado por desconocidos y es llevado a las instalaciones de Industrias Abstergo (una empresa farmacéutica cuya especialidad son los antidepresivos), donde investigadores trabajan en un proyecto con una máquina llamada "Animus".
El "Animus" es capaz de extraer recuerdos del ADN del usuario, pasadas de descendiente a descendiente, permitiendo al usuario revivir estos recuerdos como si fuera él mismo. Desmond fue "elegido" para el proyecto debido a su relación con su ancestro Altair, un miembro de los Hashsha-shin durante la Tercera Cruzada en Tierra Santa. Los investigadores, el Dr. Warren Vidic y su asistente Lucy Stillman, muestran interés en algo que hizo su antepasado.
Poco a poco se desvela el verdadero interés de los integrantes de esta compañía, y Desmond descubre que en realidad ni los templarios ni los Hashsha-shin han dejado de existir, y que está en medio de una determinante conspiración en los albores del fin del mundo.

Assassin's Creed II

Esta vez Desmond huyé con ayuda de lucy y llegan con un grupo de expertos que son tecnicos de los asesinos.Esta edición trata de Ezio Auditore Di Frienze un miembro de la familia Auditore, la cual es traicionada y 3 de sus miembros son asesinados. Eizo decide vengar a su familia y descubre una conspiración mayor de lo que pensaba teniendo que entrenarse con su tio Mario para vengar la muerte de su familia y acabar con los planes de Rodrigo Borgia villano en esta edicion de assasin's creed.


Esta segunda entrega está ambientada en el Renacimiento italiano.

Assassin's Creed: Brotherhood

Ezio Auditore, tras convertirse en el maestre de los asesinos luchará contra la poderosa orden de los Templarios. Su viaje le llevará a la ciudad más grande de Italia, Roma, centro de poder, envidias y corrupción, para allí golpear el corazón de su enemigo Cesar Borgia hijo y general de la guardia Papal de Rodrigo Borgia.

Vencer a los tiranos y a los corruptos que pueblan Roma no sólo requerirá fuerza sino liderazgo, ya que Ezio tendrá que comandar una hermandad completa de Asesinos que lucharán a su lado. Sólo trabajando juntos podrán derrotar a sus enemigos.

El juego involucra a personajes históricos reales, como Leonardo da Vinci, Nicolás Maquiavelo y Caterina Sforza. En esta secuela se cierra la historia de Ezio Auditore, pero Desmond seguirá participando en el próximo videojuego de Assassin's Creed.